ｴｳﾞｧ零号機のコアには赤木ナオコ博士の魂が入っているというのを知恵袋で見ました...

ｴｳﾞｧ零号機のコアには赤木ナオコ博士の魂が入っているというのを知恵袋で見ましたが、何かのガイドブックなどで公表された設定なのでしょうか？

それも説の一つですが、公式では魂が入っていない、ということになります。

これは新世紀エヴァンゲリオン2というPS2ソフトで語られたことなので間違いないでしょう。